La pedagogía nueva contempla la renovación de los métodos, no como técnicas sino como modificación de actitudes respecto a la educación. Para Nieto no es posible trabajar con un solo método. Los métodos, decía, han de ser "activos, dinámicos, racionales, propicios al desarrollo de aptitudes innatas y al libre juego de las iniciativas individuales. Han de satisfacer el espíritu creador. Una pedagogía viva ha de inspirarlos".
El proyecto de Nieto Caballero se refugió propiamente en el Gimnasio Moderno y en otros colegios privados, los cuales se dedicaron a la formación de los grupos dirigentes del país. Realmente los nuevos métodos, la "Revolución del espíritu" que propuso, se quedó en las altas esferas de la sociedad colombiana sin que llegara a alcanzar la Escuela Pública, reducida como siempre al ostracismo y a las prácticas pedagógicas tradicionales. Un individuo puede estar instruido y carecer de educación: quizá haya aprendido con toda exactitud las más bellas máximas morales, y puede recitar sin vacilaciones los Mandamientos de la Ley de Dios, y sin embargo su conducta llegue a ser, en el momento más inesperado, la de un bárbaro. Si la máxima y el mandamiento no han penetrado en su conciencia y se han hecho parte constitutiva, sustancia verdadera, de su propio ser.
