En España, Manuel Godoy fundó en el año 1807 una escuela de tipo pestalozziano en Madrid. En ella fueron educados muchos hijos de los altos cargos vinculados a la Corte, entre los que se cuenta Francisco de Paula.
En México durante 1945 se fundó en Navojoa, Sonora, el Colegio Pestalozzi en honor a Juan Enrique Pestalozzi, dirigido por las hermanas de la Congregación de las Misioneras Hijas de La Purísima Virgen María, Congregación fundada por la Venerable Madre Julia Navarrete.
En Mérida, Yucatán, se fundó en 1910 la Escuela Modelo inspirada en los principios educativos de Pestalozzi pero orientada hacia la formación laica de los educandos.
En América del Sur se fundaron varios colegios en su nombre, como es el caso de Venezuela el colegio Juan Enrique Pestalozzi de la ciudad de Maracaibo. Fue galardonado como mejor colegio con armonía en la enseñanza en una cumbre en Quito, Ecuador; como tal el lema del colegio "Educamos para el Amor". En las capitales de Venezuela y de Bolivia, Caracas y Sucre respectivamente, también existen colegios con el mismo nombre. En la ciudad de Barranquilla, Colombia, se funda un Colegio Público adaptado a todos los ambientes denominado "Colegio Juan Enrique Pestalozzi". Igualmente existe el colegio alemán "Pestalozzi Schule" en Buenos Aires, Argentina. También existe otro colegio en la capital de Perú, Lima, el cual lleva su apellido. Es el Colegio Suizo Pestalozzi (Pestalozzi Schweizerschule en aleman).
